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O Centro de Florestas e Produtos Florestais foi criado em 1940, com o principal objectivo de contribuir para a utilização racional dos recursos florestais tropicais e inter-tropicais. De acordo com o relatório da FAO Portugal é um dos maiores importadores e transformadores de madeiras tropicais. A sua utilização racional pressupõe o conhecimento das propriedades anatómicas, física e químicas e sua relação com a utilização final.

O género eucalipto é o mais importante em termos de área plantada com aproximadamente 18 000 000 ha desde as regiões tropicais às temperadas. Nos últimos dez anos o Centro tem contribuído para programas de melhoramento genético e estudos genómicos de eucaliptos, quer pela caracterização fenotípica quer pelo desenvolvimento de metodologias de análise expeditas e não destrutivas por espectroscopia de infravermelho médio e próximo em combinação com a análise multivariada. Para esse efeito o Centro tem desenvolvido parcerias, projectos e contratos quer com a indústria (Silvicaima, ENCE (Espanha), e Mundial Forestación SA (Uruguai) quer com laboratórios congéneresCIRAD, INTA (Argentina), EMBRAPA (Brasil), Facultad de Ciencias Agrarias, Centro Multidisciplinario de Investigaciones Tecnológicas / Universidad Nacional de Asunción (Paraguay). Desde 2007 o FLOR tem desenvolvido competências em recursos genómicos florestais, com especial ênfase nos mecanismos de regulação molecular da formação da madeira e da adaptação da floresta tropical e subtropical a condições ambientais adversas, em estreita colaboração nacional (IBET and ITQB- P Fevereiro; INESC-ID, Ana Teresa Freitas; Altri Florestal, C. Araújo; Raiz, Cristina Marques) e internacional (INRA-Bordéus C Plomion; Université Paul Sabatier / CNRS – SCSV J Grima-Pettenati; CIRAD, Jean-Marc Gion; INRA-CNRGV, Hélène Bergés)